Yoshio HONMA (本間善夫) @ecochem

SARS-CoV-2スパイク糖タンパク質6WPT（open state）。Jmol http://www.ecosci.jp/COVID-19/ https://pic.twitter.com/hgmwfiIE81

posted at 11:00:13

10時間前

既報Nature論文（5/18） https://go.nature.com/2zf0nST

posted at 11:00:12

10時間前

#カガク。#医。#生体分子。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。Nature ハイライト「コロナウイルス：SARS-CoVとSARS-CoV-2に交差反応性を示す中和抗体」 https://go.nature.com/2O8T6Ic PDB 6WPS・6WPT・6WS6（6VXX・6VYB，6M0Jも紹介）。

posted at 11:00:12

2020年07月08日(水)12 tweetssource

23時間前

「責任を痛感」して「スピード感を持って」知らぬ存ぜぬ。花見はまだかいな。

posted at 22:15:08

こちらは本日公開の新型コロナウイルスメインプロテアーゼPDB 6XHL・6XHMに結合のリガンドV2M。 https://www.rcsb.org/ligand/V2M https://twitter.com/ecochem/status/1280765677884698624… https://pic.twitter.com/nmtQCsU8tD

posted at 17:01:31

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#計算。#スパコン。#感染。鍵と鍵穴。グラデーション。鍵と鍵穴。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。「富岳」による治療薬候補についてGoogle“ニクロサミド niclosamide ニタゾキサニド nitazoxanide”画像検索。http://ecosci.jp独壇場。 https://pic.twitter.com/qv47dmroCK

posted at 16:47:47

こちらは複数のメインプロテアーゼPDBデータを紹介しているBioorganic & Medicinal Chemistry Letters論文から。ニクロサミドやニタゾキサニド同様ペプチド結合を持つなど構造類似。 https://bit.ly/3iCkvAx https://pic.twitter.com/SYLPked2zf

posted at 16:28:28

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#計算。#スパコン。#感染。鍵と鍵穴。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。既報日経記事『コロナ薬候補を数十種類　スパコン「富岳」で京大発見』のニクロサミドとニタゾキサニド，シミュレーション画面とJmolページ画像 http://www.ecosci.jp/COVID-19/ https://pic.twitter.com/J5C9foMGx3

posted at 16:28:27

#環境。#高分子。#食。http://WIRED.jp『エコバッグやマイカップは本当に環境に優しいのか？「エコ」な行動に隠された6つの真実』 https://bit.ly/2O68C7G “ヴェジタリアンやヴィーガンになるべきか”など。

posted at 16:16:54

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。本日公開PDBデータ。crisp_bio「[20200708更新] 新型コロナウイルスのPDB公開構造一覧 - その４」 https://bit.ly/2ZQ3GJt 掲載6XHMの他に6XHLも公開。

posted at 13:47:01

#カガク。#生体分子。#分子。東京工業大学「細胞内の状態を可視化するセンサーの開発　新開発のタンパク質の色の変化でストレスのたまり具合を捉える」 https://bit.ly/2CirUnW

posted at 12:49:47

#福井。#日本海。#風景。福井新聞「日本列島そっくり、日本海に奇岩　福井県南越前町、隠れ写真スポット」 https://bit.ly/31TQ4Q9

posted at 12:27:51

Muscarinic toxin 7 - Wikipedia https://en.wikipedia.org/wiki/Muscarinic_toxin_7… Muscarinic toxinは何種類か販売もされているのですね。

posted at 12:10:59

#カガク。#生体分子。#分子。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。本日公開のPDBデータ345件の中から6WJC（muscarinic toxin 7とアトロピンが結合したムスカリン性アセチルコリン受容体M1；2012年ノーベル化学賞受賞のKobilkaらによる）。論文未出。Jmol http://www.ecosci.jp/GPCR/ https://pic.twitter.com/d2iDvpSRO9

posted at 12:10:58

#カガク。#医。#生体分子。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。本日公開のSARS-CoV-2由来PDBデータは6XC4ほか10件で，計282件。 https://pdbj.org/featured/covid-19… https://pic.twitter.com/H29VyTeYXT

posted at 09:10:07

2020年07月07日(火)7 tweetssource

東京版CDCか…。東京版FDA（航空会社ではありません）とか東京版NIHとかも言い出したりして。

posted at 17:31:24

ミクスOnline https://bit.ly/2VQk37G

posted at 11:36:27

【Jmolトピック1000件へあと41歩】 #カガク。#生体分子。#分子。#医薬。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。昨日発売の不眠症治療薬のニュースからJmolトピックNo.959 https://bit.ly/2BAEDCs レンボレキサント（lemborexant）と同分子結合オレキシン1受容体PDB 6TOTのA鎖とそのPDBsumデータ。 https://pic.twitter.com/TUIBaxUM2K

posted at 11:36:27

元素大好き探究少年のプロジェクト。「元素カルタ」で難しい元素を ...
http://camp-fire.jp『元素大好き探究少年のプロジェクト。「元素カルタ」で難しい元素を楽しく遊んで学ぼう』 https://bit.ly/31NmbBb “現在の支援総額： 3,830,145円”！

posted at 10:40:26

#カガク。#ゲーム。#小学生の力。#元素。#クラウドファンディング。元素カルタ到着。少し調べたら東京支店に転送予定。 https://pic.twitter.com/MGhZrJLp4c

posted at 10:40:25

#カガク。#医。#生体分子。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。crisp_bio「新型コロナウイルス抗体カクテル療法の可能性を広げるモノクローナル抗体をCOVID-19回復者から発見」 https://bit.ly/31RNFp6 PDB 7C2L。 https://twitter.com/ecochem/status/1275287793011355649…

posted at 09:34:08

#カガク。#生体分子。#分子。#視覚。#嗅覚。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。レチナール（これが結合するとロドプシン）の代わりに香り分子ゲラニオール結合のオプシンPDB 6PGSとネロール（ゲラニオールのcis異性体）結合の同6PH7のPDBデータ。緑・ピンクの位置が明確。Jmol http://www.ecosci.jp/GPCR/ https://pic.twitter.com/ZkvCm6TfUB

posted at 09:04:42

2020年07月06日(月)2 tweetssource

7月6日

#医。#感染。#こども。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。サイエンスポータル「特集：新型コロナウイルス感染症」 https://scienceportal.jst.go.jp/covid-19/

posted at 19:01:57

7月6日

@Yh_Taguchi リツイートをありがとうございました。生命の世界をデジタル（離散性）のフィルターで見るご著書を興味深く読ませていただきました。生産者・消費者・分解者（それぞれにもデジタルの影）という仕組みも含めてまだまだ生命の世界に学ぶことは多いと考えています。

posted at 18:03:31

2020年07月05日(日)6 tweetssource

#東京。案じた通り知事選即当確。

posted at 20:03:54

#災害。空の上から見ると日本は本当に山国だと実感する。そのお陰で水がおいしく温泉も多いのだけれど。 https://pic.twitter.com/1hJ4LRdh5I

posted at 19:48:00

#熊本。#災害。引き続き案じられる雨量。2016年熊本地震の翌年に訪問したが…。 https://pic.twitter.com/NmlTO0ceHN

posted at 19:33:02

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#計算。#スパコン。#感染。富岳。鍵と鍵穴。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。今夜にサイエンスZERO https://www4.nhk.or.jp/zero/

posted at 19:12:37

#カガク。#医。#生体分子。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。crisp_bio「新型コロナウイルス: パンデミックの中でD614G変異型スパイク (S)タンパク質が優勢になる意味」 https://bit.ly/2ZGci5k

posted at 14:59:24

【Jmolトピック1000件へあと42歩】 #カガク。#生体分子。#分子。#新刊。JmolトピックNo.958 https://bit.ly/2NW9prR 講談社ブルーバックス「生命はデジタルでできている　情報から見た新しい生命像」に登場のタンパク質等の構造（分子モデル表示はIEのみ）。“元素・分子が登場する本を読もう！” https://pic.twitter.com/fINjaIOe4s

posted at 14:48:07

2020年07月04日(土)9 tweetssource

#カガク。#医。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。http://ecosci.jp
新型コロナウイルスページの動画等情報。 http://www.ecosci.jp/COVID-19/ NHKスペシャル『タモリ×山中伸弥「人体 VS ウイルス」』は今夜放送。河岡さんの動画公開は6/30で終了しました。 https://pic.twitter.com/OVGkz0zZe0

posted at 17:32:41

#カニ。 https://twitter.com/ebikaniaquarium/status/1279264515264180224…

posted at 13:05:39

畝山さんと言えば，中央公論2011年9月号（震災追悼企画） https://bit.ly/3e4MGEM に『＜徹底討論＞放射線リスクの真実　甲斐倫明×中谷内一也×畝山智香子×松永和紀』

posted at 13:04:29

#カガク。#食。#分子。#新刊。“本書の著者は国立医薬品食品衛生研究所にて安全情報部長をされている畝山智香子氏で…”。 https://twitter.com/chemstation/status/1279254040736608256…

posted at 13:04:28

Jmol http://www.ecosci.jp/COVID-19/
ChemMedChem (2012) https://bit.ly/2NTImgP

posted at 12:02:38

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#計算。#スパコン。#感染。鍵と鍵穴。グラデーション。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。日経記事『コロナ薬候補を数十種類　スパコン「富岳」で京大発見』のニタゾキサニド結合タンパク質例3V35（アルドース還元酵素）のPDBsumデータ。（続く） https://pic.twitter.com/ddjaNFsjeP

posted at 12:02:37

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#計算。#スパコン。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。富岳によるコロナ薬候補のニクロサミド（niclosamide）とニタゾキサニド（nitazoxanide）。両者のWikipedia英語版にはCOVID-19関連記事があり，日本語版には後者の記事無し。

posted at 10:57:34

ニクロサミド（niclosamide）とニタゾキサニド（nitazoxanide）。
両化合物言及記事例：EurekAlert（3/25） https://bit.ly/3eWp8De
ニクロサミド言及記事例：Markets Insider（7/1） https://bit.ly/2NUE5tr
ニタゾキサニド言及記事例：ACS Central Science（5/12） https://bit.ly/38qnJ59

posted at 10:50:46

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#計算。#スパコン。#感染。富岳。鍵と鍵穴。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。昨日の日経記事『コロナ薬候補を数十種類　スパコン「富岳」で京大発見』のニクロサミドとニタゾキサニド。Jmol http://www.ecosci.jp/COVID-19/ （続く） https://pic.twitter.com/olbeFkeJE8

posted at 10:50:46

2020年07月03日(金)2 tweetssource

7月3日

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#計算。#スパコン。#感染。富岳。鍵と鍵穴。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。奥野恭史さん。“寄生虫の薬である「ニクロサミド」や「ニタゾキサニド」などで…”。 https://twitter.com/nikkei/status/1279009492558999552…

posted at 21:36:35

7月3日

#カガク。#高分子。#環境。#拡散。#AI。#マイクロプラスチック。ITmedia「海水中のマイクロプラスチック量をAIで計測、海洋汚染の実態解明へ　NECとJAMSTECが分析システム」 https://bit.ly/3f0Esi4

posted at 14:29:16

2020年07月02日(木)8 tweetssource

再投。Science https://bit.ly/3d6gqjN

posted at 18:23:10

【Jmol旧トピック PDBsumデータ画像追加】 #カガク。#生体分子。#分子。鍵と鍵穴。有機概念図グラデーション。JmolトピックNo.954 https://bit.ly/3d3DiR6 阻害剤ルカパリブ（rucaparib）が結合したポリ［ADP-リボース］ポリメラーゼ1（PARP-1）6VKKのPDBsumデータ（阻害剤EB-47結合の6VKQと比較）。 https://pic.twitter.com/I8iv6ioDDm

posted at 18:23:10

#カガク。#生体分子。#分子。#視覚。#嗅覚。GPCR。鍵と鍵穴。グラデーション。昨日公開のPDBデータ307件の中から6PGS。レチナール（これが結合するとロドプシン）の代わりに香り分子ゲラニオール結合のオプシン6PGS。他にネロール結合の6PH7。Jmol http://www.ecosci.jp/GPCR/ https://pic.twitter.com/oec05crb3m

posted at 17:07:17

#カガク。#分子。もちろん。 https://twitter.com/maruzenpub_HGS/status/1278527886702436352…

posted at 12:26:55

Nature https://go.nature.com/2BXLGF3

posted at 11:58:56

#カガク。#医。#生体分子。#感染。インフルエンザ。ヘマグルチニン。Nature ハイライト「構造生物学：インフルエンザウイルス融合タンパク質のコンホメーション変化を捉える」 https://go.nature.com/2YTyABL PDB 6Y5G～6Y5L。

posted at 11:58:56

【Jmolトピック1000件へあと43歩】 #カガク。#生体分子。#糖鎖。PDBj「今月の分子 247: ミエリン関連糖タンパク質（Myelin-associated Glycoprotein）」よりJmolトピックNo.957 https://bit.ly/31CEWHw ミエリン関連糖タンパク質PDB 5LF5の2量体（A鎖×2）。 https://pic.twitter.com/pYCTvkxZWG

posted at 11:50:51

#カガク。#元素。#周期表。国際周期表年2019を経て。Nature Reviews Chemistry“The periodic table and the physics that drives it” https://go.nature.com/2NQw5cM

posted at 10:36:04

2020年07月01日(水)12 tweetssource

Journal of the American Chemical Society https://bit.ly/3dOky8K

posted at 21:10:00

【Jmolトピック1000件へあと44歩】 #カガク。#生体分子。#分子。#元素。Fe。本日公開のPDBデータ307件の中から6Y2T（biotC4-1コファクターが結合したストレプトアビジン）。他に6Y25・6Y33・6Y34・6Y2M・6Y3Q公開。JmolトピックNo.956 https://bit.ly/38jzDOw https://pic.twitter.com/3tyAI8o06h

posted at 21:10:00

西田さんには2011年に新潟でお話を伺うことができました。 https://togetter.com/li/146187

posted at 12:52:49

#医。#感染。#近刊。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。西田亮介「コロナ危機の社会学　感染したのはウイルスか、不安か」 https://amzn.to/2YO1QJT

posted at 12:52:49

#カガク。#医。#生体分子。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。7/4放映NHKスペシャル『タモリ×山中伸弥「人体 VS ウイルス」～驚異の免疫ネットワーク～』YouTube予告動画 https://bit.ly/2VwC62U http://ecosci.jp新型コロナウイルスページにも埋め込む。

posted at 12:32:19

PDB 6WQF（他に同じ研究グループによる室温構造として6WQF・6XB0・6XB1・6XB2・本日公開の6XHU）。
THE WEEK https://bit.ly/2NWpb6d

posted at 12:00:30

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。Nature Communications“Structural plasticity of SARS-CoV-2 3CL Mpro active site cavity revealed by room temperature X-ray crystallography” https://go.nature.com/38gSYzC メインプロテアーゼ室温構造。

posted at 12:00:29

#カガク。#環境。#気候変動。#適応。#国際。 “一連のモデル実験を行って…”。 https://twitter.com/NatureJapan/status/1278148836439896064…

posted at 11:19:10

#お台場のカガク。#オンライン。サイエンスアゴラ2020開催日決定（11/15-22の予定）＆応募受付開始（8/2まで） https://bit.ly/2AmbU3y “オンライン開催を中心に行います”。11/8開催予定の日本コンピュータ化学会一般公開ベントとは重ならなかった。

posted at 11:06:21

#カガク。#医。#生体分子。#分子。#医薬。#感染。新型コロナウイルス（SARS-CoV-2｜COVID-19）。レムデシビル（remdesivir）。GIGAZINE『新型コロナ治療薬「レムデシビル」が機能する仕組みを分かりやすく説明するとこんな感じ』 https://bit.ly/2D0pRFr

posted at 10:58:46